* Héritage génétique: Darwin n'a pas compris le mécanisme de l'héritage. Il savait que des traits étaient transmis de parents à la progéniture, mais il ne savait pas comment. Cela a été expliqué plus tard par le travail de Gregor Mendel sur la génétique.
* ADN comme porteur d'informations génétiques: Darwin n'était pas au courant de l'existence de l'ADN. La découverte de l'ADN en tant que molécule responsable du transport d'informations génétiques est venue beaucoup plus tard.
* Mutations comme source de variation: Darwin a reconnu que les variations existaient au sein des populations, mais il ne comprenait pas comment ces variations sont apparues. Les mutations, qui sont des changements dans la séquence d'ADN, sont désormais considérées comme la principale source de nouvelles variations.
* Équilibre ponctué: Cette théorie, proposée par Stephen Jay Gould et Niles Eldredge, suggère que l'évolution se produit dans les éclats de changement rapide entrecoupés de longues périodes de stabilité. La théorie de Darwin, en revanche, a souligné le changement progressif au fil du temps.
Il est important de se rappeler que la théorie de Darwin était basée sur les connaissances disponibles en son temps. Au fur et à mesure que la science a progressé, notre compréhension de l'évolution est devenue plus sophistiquée, incorporant de nouveaux principes et augmentant les idées originales de Darwin.