Manque de preuves expérimentales : La théorie s'appuyait fortement sur des observations qualitatives et manquait de preuves expérimentales quantitatives pour étayer ses affirmations. Il y avait de nombreuses incohérences et observations inexpliquées qui ne correspondaient pas bien à la théorie.
Combustion et gain de masse : L’une des contradictions fondamentales de la théorie du phlogistique était qu’elle suggérait que les matériaux combustibles libéraient du phlogistique lors de leur combustion, alors que les produits de la combustion étaient souvent plus lourds que les substances d’origine. Cette observation contredisait l'idée selon laquelle le phlogiston avait une masse négative.
Nature du phlogistique : La nature du phlogistique reste vague et mal définie. Certains partisans l'ont décrit comme une substance matérielle, tandis que d'autres l'ont considéré comme un principe ou une entité. L’absence d’une définition claire rendait difficile la réalisation d’expériences scientifiques rigoureuses pour vérifier son existence.
Explications incohérentes : La théorie du phlogistique peinait à expliquer certains phénomènes chimiques, comme la production de différents gaz lors de la combustion et le rôle de l'oxygène dans ces réactions. Au fur et à mesure que l’on en apprenait davantage sur la composition de l’air et l’implication des gaz dans les réactions chimiques, les lacunes de la théorie du phlogistique sont devenues apparentes.
Expériences de Lavoisier : Les expériences menées par Antoine Lavoisier et ses contemporains ont joué un rôle crucial dans la réfutation de la théorie du phlogistique. Les mesures méticuleuses et l'analyse quantitative de Lavoisier ont démontré que la masse est conservée lors des réactions chimiques, contredisant l'idée d'une libération de phlogistique et d'une perte de poids.
Dans l’ensemble, le manque de preuves expérimentales, les incohérences dans l’explication de la combustion et des changements de masse, une définition floue du phlogistique et les contradictions révélées par les découvertes ultérieures ont finalement conduit à la chute de la théorie du phlogistique et ont ouvert la voie au développement de la chimie moderne.