Le principal effet de la destruction de l’habitat est une réduction de la biodiversité, qui fait référence à la variété et à l’abondance de différentes espèces d’animaux et de plantes dans un contexte particulier. Lorsqu'un animal perd la maison ou l'habitat naturel dont il a besoin pour survivre, son nombre diminue rapidement et il s'achemine vers l'extinction. On estime que 14 000 à 35 000 espèces sont menacées d'extinction, et la destruction de l'habitat est l'une des principales causes.
Pollinisation et dispersion des semences

Les plantes sauvages et agricoles dépendent de la pollinisation pour se reproduire. Les fruits et légumes, éléments clés de l'alimentation humaine, dépendent des abeilles et d'autres insectes pour transférer le pollen de fleur en fleur. Lorsque la destruction de l'habitat réduit les variétés de ces pollinisateurs, les rendements des cultures diminuent également. Par exemple, les abeilles sans dard au Costa Rica qui nichent uniquement dans les forêts augmentent de 20% le rendement des plantations de café situées près des parcelles forestières. De nombreuses plantes dépendent également des animaux, en particulier ceux qui mangent des fruits, pour la dispersion des graines. La destruction de l'habitat d'animaux de ce type peut gravement affecter les espèces végétales qui en dépendent.
Régulation du climat

La biodiversité affecte le climat principalement par la régulation de la quantité de dioxyde de carbone dans l'atmosphère. La destruction des habitats forestiers réduit la capacité des forêts à absorber le dioxyde de carbone. Le taux de croissance et le boisé d'une plante déterminent le taux de renouvellement du carbone en son sein. Les modèles de paysage sont également importants car la séquestration du carbone est réduite aux lisières des fragments de forêt. Les écosystèmes marins jouent également un rôle important dans la séquestration du carbone.
Lutte contre les ravageurs et les maladies

Les ravageurs ciblent souvent des types spécifiques de plantes. Lorsque les habitats sont détruits et que la diversité végétale est réduite, l'environnement contient davantage un type particulier de plante. Cela facilite la propagation des ravageurs. La diversité végétale fournit des habitats pour une plus grande variété d'insectes et d'autres animaux et pour les ennemis naturels des ravageurs. Les maladies fongiques des plantes sont plus graves dans les zones de monoculture où un seul type de culture est cultivé.
Effets indirects

La production de nourriture, de vêtements et d'abris pour les humains dépend de nombreuses manières indirectes de la biodiversité des écosystèmes. . Une grande diversité de cultures agricoles protège les agriculteurs contre les mauvaises récoltes. La destruction des habitats et la réduction de la diversité des espèces peuvent rendre les écosystèmes plus vulnérables aux espèces envahissantes et affecter indirectement la santé et le bien-être humains. L'effet des espèces envahissantes est illustré par ce qui s'est produit lorsque les bars ont été introduits dans le lac Gatun, au Panama. La présence de bars a entraîné une réduction des prédateurs de larves de moustiques et une augmentation de l'incidence du paludisme.