La vie a prospéré dans les forêts tropicales du Costa Rica et les milieux marins (une espèce végétale et animale sur 20 peut être trouvée au Costa Rica), mais il y a aussi plus de 100 espèces sur l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature et Liste des espèces en péril des ressources naturelles. La déforestation, la conversion de l'habitat et la pollution sont les causes de l'atténuation de nombreuses espèces.

Mammifères

Le Costa Rica possède l'une des populations de chauves-souris les plus riches au monde, soit la moitié de la population mammifère. Les espèces de chauves-souris de la liste vont de la grande chauve-souris spectrale prédatrice à la chauve-souris blanche du Honduras, mesurant seulement entre 37 et 47 mm, bien que les deux espèces présentent un faible risque. Des félins tels que le petit chat tacheté, le couguar du Costa Rica et le jaguar d'Amérique centrale ont été chassés de leurs habitats, et le tamarin de Cottontop, hurleur mantled et les primates de singe-araignée de Geoffroy ont été grandement diminués. D'autres mammifères menacés comprennent le fourmilier géant, le cerf Sambar et le tapir de Baird.

Oiseaux

Le Costa Rica abrite 894 espèces d'oiseaux, soit plus qu'aux États-Unis et au Canada réunis. Parmi ceux-ci, plus de 600 sont des résidents permanents, y compris le parapluie à gorge nue menacé, le guan noir et le tangara bleu et or, mais des oiseaux comme la paruline azurée et la sterne élégante sont migrateurs. Le pinson de l'île Cocos réside sur l'île Cocos à 360 miles au large de la côte du Costa Rica. C'est le seul des pinsons de Darwin qui ne soit pas complètement endémique aux Galápagos. D'autres oiseaux menacés comprennent des espèces familières comme l'aigle (aigle noir solitaire), l'ara (grand ara vert), le colibri (colibri mangrove) et le perroquet (perroquet à front rouge).

Reptiles et amphibiens

L'iguane à queue épineuse à cinq carènes et la tortue à boue étroite sont quelques-uns des reptiles menacés, mais il y a beaucoup plus d'amphibiens menacés, dont la plupart sont des grenouilles ou des salamandres généralement représentées par une grande diversité dans les forêts tropicales . La grenouille-feuille du lémur et le rainette de Starrett sont classés en danger critique. Il en va de même pour la salamandre d'El Empalme et deux espèces de crapauds: le crapaud pico blanco et le crapaud stubfoot. Le crapaud doré de Monte Verde n'a pas été observé depuis 1989 et est considéré comme éteint.

Poisson

La plupart des poissons du Costa Rica figurant sur la liste des espèces menacées sont soit menacés soit vulnérables. Ceux-ci comprennent le mérou olive, l'hippocampe du Pacifique et le requin-taupe. Un certain nombre de rayons sont également sur la liste, tels que le rayon électrique bullseye dans le Pacifique et le rayon cownose dans l'Atlantique.

Invertébrés

Il y a un certain nombre de shadowdamsels en voie de disparition, les insectes qui ressemble à des libellules. Il s'agit notamment des espèces à dos noir, allongées, chiriquita, cacao et reventazon. Beaucoup d'autres insectes en voie de disparition sont des libellules à queue épineuse comme le limon, la bosse, le catago, le volcan, l'alajuela et les espèces à cornes. Deux espèces de crabes d'eau douce et plusieurs coraux marins ont également fait partie de la liste de l'UICN.

Plantes

Il existe plus de 9 000 espèces de plantes connues au Costa Rica. Les plantes en voie de disparition comprennent des membres de la famille des légumineuses tels que l'abarema et le lancepod, ce dernier tire son nom de son fruit semblable à une lance. Il y a aussi 24 espèces de plantes à fleurs eugenia, neuf espèces de la plante aromarienne quararibea et deux espèces du genre virola, qui est étroitement liée à la muscade et a des fleurs jaunes avec une odeur piquante. Parmi les autres genres menacés, citons la baie de corail, le palmiste cryosophila et le cédrela à feuilles caduques ou à feuilles caduques de saison sèche. Le jatropha du Costa Rica, le manilkara et le gavilán blanco sont des espèces végétales spécifiquement menacées.