1. Liaison hydrogène: Le facteur le plus important est la formation de liaisons hydrogène entre les groupes d'amide de squelette (N-H) et de carbonyle (C =O) d'acides aminés espacés de quatre résidus le long de l'hélice. Ces liaisons hydrogène créent un réseau solide qui maintient l'hélice ensemble.
2. Interactions de van der Waals: L'emballage rapproché des chaînes latérales d'acides aminés dans l'hélice contribue à la stabilité à travers les interactions de van der Waals. Cette interaction découle des fluctuations temporaires des nuages d'électrons autour des atomes, conduisant à une attraction faible mais additive entre les groupes non polaires.
3. Interactions électrostatiques: Les interactions électrostatiques entre les chaînes latérales chargées peuvent influencer la stabilité de l'hélice. Par exemple, les interactions entre les résidus chargés positivement et les résidus chargés négativement peuvent stabiliser l'hélice.
4. Effet hydrophobe: Les chaînes latérales non polaires ont tendance à se regrouper à l'intérieur de l'hélice, loin des molécules d'eau environnantes. Cet effet hydrophobe contribue à la stabilité globale de l'hélice.
5. Perturbation de la proline et de la glycine: La proline, avec sa structure cyclique, perturbe le schéma régulier de liaison hydrogène dans l'hélice. La glycine, avec sa petite taille, peut également perturber l'hélice en raison de sa flexibilité.
Facteurs affectant la stabilité:
* Séquence d'acides aminés: La séquence des acides aminés dans une protéine a un impact significatif sur la formation et la stabilité de l'hélice. Certains acides aminés sont plus sujets à la formation d'hélice que d'autres.
* Conditions de solvant: La présence de certains solvants ou ions peut perturber la liaison hydrogène et influencer la stabilité de l'hélice.
* Température: L'augmentation de la température peut perturber les liaisons hydrogène et d'autres interactions, ce qui entraîne un déploiement de l'hélice.
Dans l'ensemble, la stabilité d'une hélice alpha est une interaction complexe de divers facteurs. Alors que la liaison hydrogène joue un rôle crucial, d'autres interactions comme les forces de van der Waals, les interactions électrostatiques et l'effet hydrophobe contribuent de manière significative. La séquence spécifique des acides aminés et les conditions environnementales influencent également la stabilité de l'hélice alpha.
