L'alpha amylase est une enzyme qui hydrolyse spécifiquement les liaisons alpha-1,4-glycosidiques de l'amidon, du glycogène ou d'autres glucides apparentés. Ces liaisons se trouvent entre les molécules de glucose dans ces polysaccharides. Cette réaction d'hydrolyse décompose les polysaccharides en unités plus petites, telles que le maltose et la dextrine, qui peuvent être métabolisées davantage par l'organisme.

La liaison hydrolysée par l'alpha amylase est une liaison alpha-1,4-glycosidique, qui est un type de liaison covalente qui relie le premier carbone (C1) d'une molécule de sucre au quatrième carbone (C4) de la molécule de sucre suivante. Ce type spécifique de liaison se retrouve dans les polysaccharides amidon et glycogène, constitués de longues chaînes de molécules de glucose liées par des liaisons alpha-1,4-glycosidiques.