Les conditions alcalines (généralement autour d'un pH de 8,0 à 9,5) sont préférées en électrophorèse pour séparer les fragments d'ADN car elles améliorent la résolution et la séparation des molécules d'ADN. À pH alcalin, le squelette de l’ADN devient plus chargé négativement en raison de la déprotonation des groupes phosphate. Cette charge négative accrue améliore la mobilité électrophorétique des molécules d’ADN, permettant ainsi une meilleure séparation en fonction de leur taille.
2. ADN simple brin :
Les conditions alcalines favorisent la dénaturation de l’ADN double brin en ADN simple brin. Les molécules d'ADN simple brin ont une forme et une taille plus uniformes que l'ADN double brin, ce qui facilite leur séparation lors de l'électrophorèse.
3. Stabilité du gel :
Les tampons alcalins contribuent à la stabilité des gels d'agarose utilisés en électrophorèse. Les gels d'agarose ont tendance à fondre à des températures plus élevées et les conditions alcalines aident à maintenir leur intégrité pendant les cycles d'électrophorèse, empêchant ainsi la déformation du gel.
4. Liaison au bromure d'éthidium :
Le bromure d'éthidium est un colorant fluorescent couramment utilisé pour visualiser l'ADN dans les gels d'électrophorèse. Dans des conditions alcalines, le bromure d'éthidium se lie plus efficacement à l'ADN simple brin, augmentant ainsi l'intensité de la fluorescence et rendant les bandes d'ADN plus visibles.
5. Prévention de la fragmentation de l'ADN :
Les conditions alcalines minimisent l’activité des DNases, qui sont des enzymes capables de dégrader l’ADN. Le pH élevé inhibe l'activité de ces enzymes, préservant ainsi l'intégrité des fragments d'ADN pendant l'électrophorèse.
Dans l’ensemble, les conditions alcalines de l’électrophorèse offrent une meilleure résolution, une séparation améliorée de l’ADN, une stabilité du gel, une liaison améliorée du bromure d’éthidium et une protection contre la dégradation de l’ADN, ce qui en fait le choix préféré pour les techniques d’analyse et de séparation de l’ADN.
