Protons : 42

Neutrons : 56

Electrons : 42

Chaque atome de molybdène possède 42 protons dans son noyau, ce qui lui confère une charge positive de +42. Pour maintenir la neutralité électrique, un atome de molybdène neutre possède également 42 électrons en orbite autour de son noyau. Le nombre de neutrons peut varier, donnant naissance à différents isotopes du molybdène. L'isotope le plus courant est le molybdène 98 (Mo-98), qui contient 56 neutrons.