Les outils de dessalement eux-mêmes n'ont pas besoin d'être nettoyés à l'eau, car leur fonction est d'éliminer le sel et autres impuretés de l'eau. L’accent devrait plutôt être mis sur l’entretien et le nettoyage des préfiltres, des membranes et des systèmes de post-traitement utilisés dans les processus de dessalement afin de garantir un dessalement efficace et efficient.