Lyse est un mot qui vient du grec et signifie simplement «se diviser» ou «éclater». A juste titre, les termes se rapportent à ce qui arrive aux cellules dans un tampon de lyse, une solution qui les brise. extraire leur contenu. Les scientifiques utilisent des tampons de lyse lors de l'extraction d'ADN ou de protéines à partir de cellules pour analyse, en particulier dans le cas des bactéries. Le type de tampon de lyse cellulaire varie en fonction du type d'expérience, bien que les choix suivants soient courants.

TL; DR (Trop long; n'a pas lu)

Les tampons de lyse aident à casser les cellules ouvertes, afin que leur contenu soit accessible ou supprimé. Certains exemples incluent les sels, les détergents, les agents chélateurs et les inhibiteurs, et certains produits chimiques alcalins.
Tampon et sel

Les tampons stabilisent le pH pendant que les cellules se séparent. Le Tris-HCL est l'un des produits chimiques les plus courants pour le tamponnage à pH 8. HEPES est un autre produit chimique tampon commun dans ces expériences. Le sel de chlorure de sodium peut également augmenter la force ionique, la concentration totale de solutés à l'extérieur des cellules. Ce dernier point a une certaine importance car l'eau peut diffuser à travers les membranes cellulaires des régions à faible concentration en soluté aux régions à forte concentration en soluté.
Dissolving Detergents

Les détergents dissolvent les membranes cellulaires afin que le contenu de la cellule puisse s'échapper. La structure moléculaire ont et amphipathique (c'est-à-dire, des molécules avec une extrémité qui interagit facilement avec les molécules d'eau tandis que l'autre extrémité hydrophobe ou "craignant l'eau" ne le fait pas). Ils peuvent dissoudre les graisses en formant des micelles, de petites grappes où les queues hydrophobes des molécules de détergent pointent vers l'intérieur vers les molécules de graisse. Les détergents courants comprennent le dodécylsulfate de sodium ou SDS, NP-40 et tritonX.
Agents chélateurs et inhibiteurs

Les tampons de lyse comprennent généralement également des agents chélatants comme l'acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA) ou l'acide éthylène glycol tétraacétique (EGTA) ). Ces produits chimiques se lient aux ions métalliques avec deux charges positives (par exemple, le magnésium et le calcium), les rendant ainsi indisponibles pour d'autres réactions. De nombreuses ADNses (protéines qui mâchent l'ADN) et protéases (protéines qui découpent d'autres protéines) ont besoin d'ions magnésium pour fonctionner, donc en les privant de cet ingrédient clé, l'EDTA et l'EGTA aident à réduire le niveau d'activité des protéases ou des ADN. Cependant, ils ne l'excluent pas complètement, et certaines protéases ne dépendent pas des cofacteurs de magnésium, de sorte que les tampons de lyse incluent parfois également des produits chimiques appelés inhibiteurs de protéase, qui se lient aux protéases et les empêchent de fonctionner correctement.
Lysis alcaline

La lyse alcaline, une technique très courante pour purifier les plasmides des bactéries, implique trois solutions. Le premier contient du glucose, du tampon tris-HCL, de l'EDTA et des ARNses. Le glucose crée une concentration élevée de soluté à l'extérieur des bactéries, ce qui les rend un peu flasques, ce qui les rend plus faciles à lyser. L'EDTA et le tris-HCL fonctionnent comme déjà décrit, tandis que l'ARNse mâchonnera tout ARN à l'intérieur de la cellule pour l'éliminer. La deuxième solution lyse en fait les cellules. Celui-ci contient du détergent SDS et du NaOH, ce qui élève le pH à 12 ou plus, dénaturant les protéines à l'intérieur de la cellule et provoquant la séparation de l'ADN en brins simples. La troisième solution contient de l'acétate de potassium pour restaurer le pH à un niveau plus neutre afin que les brins d'ADN plasmidique puissent se rassembler. Entre-temps, les protéines dénaturées se regroupent et précipitent, tandis que les ions dodécylsulfate se rejoignent avec les ions potassium pour former un composé insoluble, qui précipite également de la solution.