Depuis plus d'une décennie, les scientifiques qui étudient l'épigénétique ont utilisé une méthode puissante appelée ChIP-seq pour cartographier les changements dans les protéines et d'autres facteurs de régulation critiques à travers le génome. Alors que ChIP-seq fournit des informations précieuses sur les fondements de la santé et de la maladie, elle est également confrontée à un défi frustrant :ses résultats sont souvent considérés comme qualitatifs plutôt que quantitatifs, rendant l'interprétation difficile.

Mais, il s'avère, ChIP-seq a peut-être été quantitatif depuis le début, selon un récent rapport sélectionné comme choix de la rédaction par et présenté sur la couverture du Journal de chimie biologique .

"ChIP-seq est l'épine dorsale de la recherche en épigénétique. Nos résultats remettent en question la croyance selon laquelle des étapes supplémentaires sont nécessaires pour la rendre quantitative, " a déclaré Brad Dickson, Doctorat., un scientifique de l'Institut Van Andel et l'auteur correspondant de l'étude. "Notre nouvelle approche permet de quantifier les résultats, rendant ainsi ChIP-seq plus précis, tout en laissant les protocoles standard intacts."

Les tentatives précédentes pour quantifier les résultats de ChIP-seq ont conduit à l'ajout d'étapes supplémentaires au protocole, y compris l'utilisation de « spike-ins », " qui sont des additifs conçus pour normaliser les résultats de ChIP-seq et révéler des changements d'histones qui pourraient autrement être masqués. Ces étapes supplémentaires augmentent la complexité des expériences tout en ajoutant des variables qui pourraient interférer avec la reproductibilité. l'étude identifie également un problème de sensibilité dans la normalisation de pointe qui n'a pas été discuté auparavant.

En utilisant un modèle physique prédictif, Dickson et ses collègues ont développé une nouvelle approche appelée méthode sans pointe pour le séquençage quantitatif de puces, ou siQ-ChIP. Il permet aux chercheurs de suivre le protocole standard ChIP-seq, éliminant le besoin de pointes, et décrit également un ensemble de mesures communes qui devraient être signalées pour toutes les expériences ChIP-seq afin d'assurer la reproductibilité ainsi que la quantification.

En tirant parti de la réaction de liaison à l'étape d'immunoprécipitation, siQ-ChIP définit une échelle physique pour le séquençage des résultats qui permet la comparaison entre les expériences. L'échelle quantitative est basée sur l'isotherme de liaison des produits d'immunoprécipitation.