Dans un article publié dans le Journal de chimie biologique , Le Dr Özdemir a étudié deux familles de protéines nommées Rho GTPases et IQGAPs, qui sont connus pour jouer un rôle important dans les métastases cancéreuses. Ces deux familles de protéines « suspectes » ont été étudiées par de nombreux chercheurs au fil des années, mais l'interaction entre eux n'avait pas été complètement comprise auparavant.

Il est important de comprendre comment les métastases, la propagation du cancer de son siège primitif à d'autres organes, se déroule, car prévenir les métastases signifie garder le cancer sous contrôle. C'est pourquoi le Dr Özdemir a choisi d'étudier ces protéines, qui sont connus pour activer les métastases.

Nécessitant une grande quantité de calculs probabilistes, l'étude n'a été rendue possible que grâce à des techniques de simulation informatique à l'aide d'ordinateurs très puissants. Les chercheurs ont construit un environnement de simulation dans lequel de nombreux éléments tels que la densité de l'eau dans la cellule, les ions et la structure tridimensionnelle des protéines ont été très précisément simulés. Cela a permis d'observer comment exactement les deux protéines interagissaient, les points auxquels ils se sont liés, et quels changements morphologiques la liaison provoquée dans les protéines.

La simulation a duré six mois. L'étude a observé les points de liaison et la séquence des deux protéines, comment la grosse protéine a trouvé sa correspondance, et comment les deux structures complexes se sont liées. Et il a été établi que les structures complexes qui se sont formées activaient les mécanismes qui déclenchaient les métastases dans les cellules.