Les bactéries hétérotrophes neutrophiles et acidophiles constituent la majorité des espèces de bactéries. Les termes «neutrophile» et «acidophile» désignent le niveau optimal de pH des espèces bactériennes - une mesure de l'acidité ou de la basicité d'une substance. Par exemple, les mesures de vinaigre comme acide, et le bicarbonate de soude comme base. L'échelle de pH varie de 0 à 14, avec 7, le pH de l'eau pure, juste au milieu.

Hétérotrophes neutrophiles

La majorité des bactéries, neutrophiles, vivent dans le sol ou l'eau et se développer mieux à un pH neutre entre 6 et 8. Si le pH varie trop en dehors de cette plage, les bactéries neutrophiles ne peuvent pas survivre. La plupart des bactéries qui causent des maladies chez les humains sont également des hétérotrophes neutrophiles, bien adaptés pour survivre dans un corps humain.

Hétérotrophes acidophiles

Les bactéries acidophiles poussent mieux à des pH plus bas, généralement sous un pH de 6, car ils possèdent des mécanismes biologiques qui leur permettent de maintenir leur pH interne proche de la neutralité. Le drainage minier acide - le ruissellement hautement acide et contaminé des zones minières - contient une forte population d'acidophiles qui oxydent le sulfure présent dans les minerais métalliques. Selon le Science Education Resource Centre du Carleton College, l'acidophile Ferroplasma trouvé dans le drainage minier acide présentait des niveaux de pH aussi bas que zéro.

Hétérotrophes obligatoirement acidophiles

Les acidophiles obligatoires nécessitent un pH bas, inférieur à zéro. 4 ou 5, pour survivre. La membrane cellulaire des acidophiles obligatoires se dissout réellement à des niveaux de pH neutres, provoquant la mort cellulaire. De nombreux acidophiles obligés sont également des thermophiles - des organismes qui poussent le mieux à des températures élevées - et que l'on trouve communément dans les sols volcaniques. Thiobacillus ferrooxidans se classe probablement comme la bactérie acidophile oxydante du fer la plus étudiée.