Lorsque vous rencontrez un isolat bactérien non caractérisé, une approche systématique combinant microscopie, culture et méthodes moléculaires est essentielle pour une identification précise.
Commencez par examiner la composition, la forme et la manière dont les cellules se lient entre elles après la division. Ces attributs de base fournissent les premiers indices sur la taxonomie de l’organisme.
La coloration de Gram distingue les bactéries à parois épaisses de peptidoglycane (Gram-positives) de celles à parois fines ou absentes (Gram-négatives). C'est la pierre angulaire de la classification bactérienne.
A noter que chaque forme peut être Gram‑positive ou Gram‑négative, sauf les spirilles qui sont exclusivement Gram‑négatives.
Après division, les coques et les bacilles forment des arrangements caractéristiques :
Inoculer l'isolat sur une gamme de milieux de croissance qui favorisent ou inhibent des groupes bactériens spécifiques. Observez la morphologie, la couleur et le taux de croissance des colonies pour affiner les possibilités.
Recherchez les sous-produits métaboliques (par exemple, oxydase, catalase, fermentation des glucides) pour affiner davantage l’identification. De nombreux laboratoires utilisent des panneaux automatisés pour plus de rapidité et de précision.
Si les données morphologiques et biochimiques ne sont pas concluantes, le séquençage de l'ARNr 16S ou l'analyse du génome entier peuvent définitivement faire correspondre l'isolat à une espèce connue ou révéler une nouvelle souche, à condition qu'il existe des génomes de référence.
Par exemple, un isolat à Gram négatif, aérobie et formant des chaînes de bâtonnets droits pourrait être identifié comme étant Escherichia coli. après confirmation de la culture et du séquençage.
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