* Faible rendement en ATP : La fermentation produit une très petite quantité d’ATP par rapport à la respiration aérobie. Alors que la respiration aérobie produit environ 36 à 38 molécules d'ATP par molécule de glucose, la fermentation ne produit que 2 molécules d'ATP. .
* Répartition incomplète du glucose : La fermentation ne décompose que partiellement le glucose, laissant ainsi une grande partie de l’énergie potentielle inexploitée. Cela signifie qu’une grande partie de l’énergie stockée dans le glucose n’est pas utilisée pour la production d’ATP.
* Production de déchets : La fermentation produit des déchets tels que l'acide lactique (chez les animaux) ou l'éthanol (dans la levure). Ces sous-produits peuvent être nocifs à des concentrations élevées et peuvent même contribuer à la fatigue musculaire en cas d’accumulation d’acide lactique.
Dans l'ensemble, la fermentation est un moyen moins efficace de générer de l'énergie que la respiration aérobie. Il s'agit d'un système de « secours » qui permet aux organismes de survivre en l'absence d'oxygène.