Kühne, un physiologiste allemand, étudiait la digestion des protéines par la pepsine, une enzyme gastrique. Il a initialement utilisé le terme « ferment » pour décrire ces substances, mais il l'a ensuite changé en « enzyme » pour le distinguer des autres types de ferments.

Le mot « enzyme » vient du mot grec « en zyme », qui signifie « dans le levain ». Cela reflète le fait que les enzymes sont des catalyseurs biologiques qui accélèrent les réactions chimiques dans les organismes vivants.