1. Manque de diversité morphologique: Contrairement à de nombreux autres organismes, les bactéries présentent une variation morphologique relativement limitée. De nombreuses espèces partagent des formes similaires (cocci, bacilles, spirrilla), ce qui rend l'identification visuelle peu fiable.
2. Transfert de gènes horizontaux: Les bactéries échangent facilement le matériel génétique par des mécanismes tels que la conjugaison, la transformation et la transduction. Ce transfert de gènes horizontal rend le complexe de relations évolutives du traçage, car les gènes peuvent être transférés entre des espèces non apparentées.
3. Niveaux élevés de diversité génétique: Les bactéries ont des génomes remarquablement divers. Même les espèces étroitement apparentées peuvent avoir des différences génétiques significatives, brouillant les lignes de classification.
4. Difficile de culture: De nombreuses espèces bactériennes sont difficiles ou impossibles à cultiver en laboratoire. Cela rend difficile d'étudier leurs caractéristiques et leurs relations.
5. Évolution rapide: Les bactéries évoluent rapidement, en particulier sous pression sélective. Cette évolution rapide peut conduire à l'émergence de nouvelles espèces ou à la diversification des efforts de classification existants, ce qui complique les efforts de classification.
6. Manque de dossier fossile: Les bactéries sont microscopiques et manquent de parties dures, ce qui rend extrêmement difficile l'obtention d'un dossier fossile significatif. Cela limite notre compréhension de leur histoire évolutive.
7. Reliance envers les techniques moléculaires: La classification bactérienne moderne repose fortement sur des techniques moléculaires comme le séquençage de l'ADN et l'analyse de l'ARN ribosomal. Cela peut être coûteux et long, ce qui rend difficile une utilisation généralisée.
8. Modification des systèmes de classification: À mesure que notre compréhension des bactéries s'améliore, les systèmes de classification évoluent constamment. Cela peut entraîner une confusion et des incohérences dans la dénomination et l'organisation des bactéries.
9. Considérations écologiques: De nombreuses espèces bactériennes sont hautement spécialisées dans leur environnement. Il est difficile de les classer en fonction des méthodes de laboratoire traditionnelles et nécessite l'examen des facteurs écologiques.
10. La "matière noire" des bactéries: La grande majorité des bactéries ne peuvent pas être cultivées en laboratoire. Cela signifie que nous en savons très peu sur leur diversité et leurs relations, laissant une partie importante du monde bactérien non classé.
Ces défis mettent en évidence la complexité de la classification bactérienne et soulignent la nécessité d'une recherche et du développement continues de nouvelles techniques et approches.
