Bien qu'ils soient parfois appelés «algues bleu-vert», ce terme est techniquement inexact. Les algues sont un groupe diversifié d'organismes qui incluent à la fois des espèces unicellulaires et multicellulaires, et les cyanobactéries ne sont pas des algues.

Ainsi, le terme le plus précis et le plus préféré pour ces bactéries est cyanobactéries .