Il a mené une série d'expériences élégantes dans les années 1860 à l'aide de flacons à col de cygne. Ces expériences ont montré que:

* bouillon stérile est resté stérile même lorsqu'il est exposé à l'air, tant que le cou de cygne empêchait les particules de poussière d'entrer dans le bouillon.

* lorsque le cou a été cassé , permettant à la poussière d'entrer, le bouillon est rapidement devenu contaminé par des micro-organismes.

Cela a démontré que les micro-organismes ne proviennent pas spontanément du bouillon lui-même mais ont plutôt été introduits à partir de l'environnement, en particulier via des particules de poussière.

Le travail de Pasteur a révolutionné notre compréhension des origines de la vie et a jeté les bases de la théorie des germes de la maladie.