* Phylum Sarcomastigophora: Ce phylum comprend des amibes, qui se déplacent à l'aide de pseudopodes, et des flagellés, qui utilisent des flagelles pour le mouvement.
* Phylum Apicomplexa: Ce sont des protozoaires parasites avec un cycle de vie complexe, impliquant souvent plusieurs hôtes. Les exemples incluent le plasmodium, l'agent causal du paludisme.
* phylum ciliophora: Ces protozoaires utilisent des cils pour le mouvement et l'alimentation. Ils ont des structures complexes et peuvent être trouvées dans une variété d'environnements aquatiques.
* Phylum Microspora: Ce phylum comprend des parasites intracellulaires obligatoires qui peuvent infecter un large éventail d'hôtes, y compris les humains.
Bien que ce soient les principaux phyla, il existe également d'autres phyla qui sont moins fréquemment étudiés ou acceptés, comme phylum myxozoa et Phylum Ascetospora .
Il est important de se rappeler que la classification des protozoaires évolue constamment et que de nouvelles informations peuvent entraîner des changements dans le système établi.