Agarose en pourcentage plus élevé (par exemple, 1-2%):
* taille des pores plus petite: Cela permet une meilleure séparation des fragments d'ADN plus petits . Le gel agit comme un tamis, piégeant des fragments plus petits plus longtemps, les faisant migrer plus lentement.
* utilisé pour:
* Analyser les fragments d'ADN moins de 1000 paires de bases (BP)
* Séparation à haute résolution des petits fragments
* Analyse du polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP)
Agarose à pourcentage inférieur (par exemple, 0,5-0,8%):
* taille des pores plus grande: Cela permet une migration plus rapide de fragments d'ADN plus grands .
* utilisé pour:
* Séparation des fragments d'ADN plus grands (plus de 1000 pb)
* Analyser l'ADN génomique
* Électrophorèse sur gel à champ pulsé (PFGE) pour de très grandes molécules d'ADN
Considérations clés:
* Taille des fragments: La taille des fragments d'ADN que vous essayez de séparer est le principal facteur pour déterminer le pourcentage de gel.
* Résolution: Des gels à pourcentage plus élevés offrent une résolution plus élevée pour séparer les petits fragments, tandis que les gels à pourcentage plus faible sont meilleurs pour séparer les gros fragments.
* Temps de migration: Des gels de pourcentage plus élevés ralentissent la migration, nécessitant des temps de fonctionnement plus longs. Les gels à pourcentage inférieur permettent une migration plus rapide.
Exemple:
Si vous analysez les produits d'une digestion enzymatique de restriction contenant des fragments allant de 500 à 1000 pb, vous choisissez probablement un gel d'agarose à 1%. Si vous analysiez l'ADN génomique avec des fragments allant de 50 000 à 100 000 pb, un gel d'agarose à 0,7% serait plus approprié.
