Les bactéries qui peuvent survivre sans la présence d’oxygène sont appelées bactéries anaérobies. Ils sont capables de générer de l'énergie par des processus autres que la respiration aérobie, comme la fermentation ou la respiration anaérobie. Voici quelques exemples de bactéries anaérobies :

- Clostridium botulinum :Cette bactérie produit la neurotoxine responsable du botulisme, une forme grave d'intoxication alimentaire. On le trouve dans le sol et peut contaminer les produits alimentaires comme les conserves.

- Escherichia coli (E. coli) :Certaines souches d'E. coli sont anaérobies et peuvent provoquer des infections telles que des infections des voies urinaires et des intoxications alimentaires.

- Bacteroides fragilis :Cette bactérie fait partie de la flore intestinale normale mais peut provoquer des infections si elle pénètre dans d'autres parties du corps, comme la circulation sanguine ou la cavité abdominale.

- Méthanogènes :Ces bactéries produisent du méthane comme sous-produit de leur métabolisme et se trouvent dans des environnements tels que les marécages, les marais et les décharges.