Les eucaryotes ne sont pas classés comme distincts des procaryotes lorsqu'ils forment des colonies de procaryotes. Les eucaryotes et les procaryotes sont deux domaines distincts de la vie, caractérisés par des structures cellulaires et des histoires évolutives fondamentalement différentes. Les procaryotes sont des organismes unicellulaires dépourvus de noyau lié à la membrane et d'autres organites liés à la membrane. En revanche, les eucaryotes comprennent tous les organismes dotés de noyaux et d'organites liés à la membrane, englobant un large éventail d'organismes allant des protistes aux animaux, en passant par les plantes et les champignons.

Lorsque plusieurs cellules procaryotes coexistent à proximité ou forment des arrangements coloniaux, elles ne forment pas de cellules eucaryotes ni ne constituent des eucaryotes. Ces colonies ou agrégats de cellules procaryotes relèvent toujours du domaine procaryote, car elles conservent les traits structurels et génétiques caractéristiques des procaryotes. À l’inverse, les cellules eucaryotes sont distinctes et distinctes des colonies procaryotes en termes de complexité cellulaire, de composants cellulaires et d’origines évolutives.