Protéines Slicer Ago (Ago2) : Ago2 est la principale protéine Argonaute trancheuse chez l'homme. Il contient un domaine PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille) qui se lie à l'extrémité 3' des petits ARN interférents (siARN) ou microARN (miARN), et un domaine PIWI qui clive l'ARNm cible. Le clivage de l'ARNm médié par Ago2 conduit à la dégradation de l'ARNm et à la réduction au silence de l'expression des gènes.
Protéines Ago non trancheuses (Ago1, Ago3 et Ago4) : Ago1, Ago3 et Ago4 n'ont pas l'activité catalytique requise pour le clivage de l'ARNm. Au lieu de cela, ils fonctionnent comme des guides pour les miARN et les siARN, les dirigeant vers leurs ARNm cibles. Ces protéines Ago non trancheuses peuvent également interagir avec d'autres protéines pour réguler l'expression des gènes par le biais de mécanismes qui n'impliquent pas le clivage de l'ARNm.
Le choix de trancher ou non une molécule d’ARNm dépend de la protéine Argonaute spécifique impliquée et du contexte cellulaire. En général, Ago2 est responsable du découpage des ARNm ciblés par les siARN, tandis que Ago1, Ago3 et Ago4 guident les miARN vers leurs ARNm cibles et régulent l'expression des gènes par des mécanismes sans découpage.