1. Répétitions inversées terminales (TIR) :De nombreux éléments transposables, tels que les transposons d'ADN, ont des répétitions inversées terminales (TIR) à leurs extrémités. Les TIR agissent comme des séquences de reconnaissance spécifiquement liées par les enzymes transposase. Les transposases peuvent reconnaître et se lier aux TIR, facilitant ainsi l'intégration de l'élément transposable dans le génome hôte.
2. Duplications de sites cibles (TSD) :certains transposons, tels que les rétrotransposons, génèrent des duplications de sites cibles (TSD) lors de leur intégration. Les TSD sont des répétitions courtes et directes qui flanquent l’élément transposable inséré. Les transposases impliquées dans la rétrotransposition peuvent reconnaître et insérer l'élément transposable dans des régions présentant des motifs de séquence d'ADN spécifiques ou des caractéristiques structurelles permettant une intégration efficace.
3. Réparation dirigée par homologie (HDR) :Certaines séquences d'ADN mobiles, en particulier les rétrotransposons connus sous le nom de LINE (Long Interspersed Nuclear Elements), peuvent utiliser des mécanismes de réparation dirigée par homologie (HDR) pour trouver leurs sites cibles. Le HDR permet une intégration précise des séquences d’ADN dans des régions spécifiques du génome hôte sur la base de l’homologie des séquences. Les LINE peuvent utiliser leurs propres séquences internes ou des séquences provenant d'autres régions génomiques comme modèles pour le HDR, permettant ainsi une insertion ciblée.
4. Amorçage de cible :Certains rétrotransposons, tels que les SINE (éléments nucléaires courts intercalés), utilisent un processus appelé amorçage de cible pour l'insertion. L'amorçage de la cible implique l'enzyme transcriptase inverse du rétrotransposon qui analyse le génome de l'hôte à la recherche de séquences spécifiques, telles que des gènes d'ARNt ou d'autres éléments SINE. La transcriptase inverse utilise ensuite ces séquences comme amorces pour initier la transcription inverse de l'élément transposable, conduisant à son intégration dans l'emplacement amorcé.
5. Accessibilité de la chromatine :L'accessibilité des régions de chromatine influence également le ciblage des séquences d'ADN mobiles. Les enzymes transposases peuvent présenter des préférences pour l’intégration dans des régions chromatiniennes ouvertes ou accessibles, où l’ADN est moins étroitement emballé. Cela permet une insertion et une intégration plus efficaces de l’élément transposable dans le génome hôte.
Il est important de noter que les mécanismes de ciblage des séquences d’ADN mobiles peuvent être complexes et varier selon les différentes classes et familles d’éléments transposables. Les préférences et mécanismes de ciblage spécifiques peuvent également évoluer au fil du temps, contribuant à la diversité et à la dynamique des insertions d’éléments transposables au sein du génome hôte.
