Normalement, chaque molécule d'ADN à l'intérieur de vos cellules contient deux brins réunis par des interactions appelées liaisons hydrogène. Cependant, un changement de conditions peut «dénaturer» l'ADN et provoquer la séparation de ces brins. L'ajout de bases fortes, comme le NaOH, augmente considérablement le pH, diminuant ainsi la concentration en ions hydrogène de la solution et dénaturant l'ADN double brin.
Effets du pH

La concentration en ions hydroxyde et le pH ont une corrélation directe , ce qui signifie que plus le pH est élevé, plus la concentration d'hydroxyde est élevée. De même, plus la concentration en ions hydrogène diminue. À pH élevé, alors, la solution est riche en ions hydroxyde, et ces ions chargés négativement peuvent retirer les ions hydrogène des molécules comme les paires de bases de l'ADN. Ce processus perturbe la liaison hydrogène qui maintient les deux brins d'ADN ensemble, les faisant se séparer.
ARN vs ADN

Contrairement à l'ARN, l'ADN n'a pas de groupe hydroxyle en position 2 'dans chaque groupe de sucre. Cette différence rend l'ADN beaucoup plus stable en solution alcaline. Dans l'ARN, le groupe hydroxyle en position 2 'peut céder un ion hydrogène à la solution à pH élevé, créant un ion alcoxyde hautement réactif qui attaque le groupe phosphate en maintenant ensemble deux nucléotides voisins. L'ADN ne souffre pas de ce défaut et jouit ainsi d'une stabilité remarquable à pH élevé.
Lyse alcaline

Les biologistes moléculaires utilisent souvent la dénaturation alcaline pour isoler l'ADN plasmidique des bactéries. Les plasmides sont de petites boucles d'ADN séparées du chromosome bactérien. Dans un miniprep de lyse alcaline, les biologistes ajoutent du détergent et de l'hydroxyde de sodium aux bactéries en suspension dans la solution. Le détergent dissout la membrane cellulaire bactérienne tandis que l'hydroxyde de sodium augmente le pH et rend la solution hautement alcaline. Au fur et à mesure que les cellules cassées libèrent leur contenu, l'ADN à l'intérieur se sépare en ses brins constitutifs, ou dénatures.
Réanalyse

Une fois que le biologiste extrait l'ADN de la cellule, il ajoute un autre réactif pour renvoyer la solution pH plus neutre et précipiter le détergent. Le changement de pH permet aux brins plasmidiques de ré-onduler; le chromosome volumineux, cependant, ne peut pas faire la même chose, de sorte que le biologiste peut le retirer avec le détergent, les protéines dénaturées et d'autres ordures variées, laissant le plasmide derrière. La lyse alcaline ne purifie pas complètement l'ADN plasmidique; il sert plutôt de moyen "rapide et sale" pour l'extraire de la cellule et éliminer la plupart des autres contaminants.