Malgré les contributions significatives apportées par les technologies de séquençage de troisième génération à la production de génomes de haute qualité, il reste une pénurie de ressources génomiques pour les cultivars de bananiers, leurs parents sauvages et les espèces ornementales de Musa, ce qui a entravé l'amélioration des cultures et des plantes ornementales. variétés.

Musa ornata W. Roxburgh (Mo) et Musa velutina H. Wendl. &Drude (Mv) appartiennent à la section Musa de la famille des Musacées. Ils sont étroitement liés à Musa acuminata et sont originaires du Bangladesh, du Myanmar et du nord-est de l'Inde. Ces espèces sont non seulement largement cultivées comme plantes ornementales populaires dans les régions tropicales, mais contribuent également à l'alimentation locale grâce à leurs fruits.

Par conséquent, Mo et Mv sont des candidats souhaitables pour un séquençage du génome de haute qualité afin d’améliorer la future sélection moléculaire. Dans cette étude, les assemblages génomiques au niveau chromosomique de Mo et Mv ont été générés à l'aide de lectures longues d'Oxford Nanopore et de lectures Hi-C. Les génomes de Mo et Mv ont été assemblés en 11 pseudochromosomes avec des tailles de génome de 427,85 Mb et 478,10 Mb, respectivement.

Les séquences répétitives représentaient respectivement 46,70 % et 50,91 % du génome total de Mo et de Mv. Les évaluations de la qualité du génome ont confirmé la contiguïté (LAI :13,68 et 16,81), l'exactitude (taux de cartographie des lectures Illumina :95,55 % et 94,29 %) et l'exhaustivité (BUSCO :98,08 % et 98,51 %) des deux génomes.

Selon les prédictions génétiques, un total de 39 177 et 31 256 gènes codant pour des protéines de haute confiance ont été annotés respectivement pour Mo et Mv. Par rapport à Musa acuminata et Mv, plusieurs inversions et translocations importantes ont été observées sur chr04 de Mo. Les analyses d'enrichissement en gènes exprimés différentiellement (DEG) et en ontologie génétique (GO) ont indiqué que les gènes régulés positivement dans les péricarpes matures de Mv étaient principalement associés au métabolisme des saccharides. processus, en particulier au niveau de la paroi cellulaire et de la région extracellulaire.

En outre, plusieurs gènes de polygalacturonase (PG) ont été identifiés et présentaient des niveaux d'expression plus élevés dans les péricarpes matures de Mv que dans d'autres tissus, ce qui pourrait être responsable de la déhiscence du péricarpe. De plus, cette étude a également identifié des gènes associés à la voie de biosynthèse des anthocyanes.

Pris ensemble, les assemblages génomiques de Mo et Mv au niveau des chromosomes fournissent des informations précieuses sur le mécanisme de déhiscence du péricarpe et de biosynthèse des anthocyanes chez le bananier, ce qui contribuera de manière significative aux futurs efforts de sélection génétique et moléculaire.

L'article "Les assemblages du génome au niveau chromosomique de Musa ornata et Musa velutina fournissent un aperçu de la déhiscence du péricarpe et de la biosynthèse des anthocyanes chez le bananier" a été publié dans Horticulture Research .