Les troupeaux laitiers du futur devront être capables de s’adapter aux conditions environnementales changeantes, tout en nourrissant le monde de manière efficace et avec l’empreinte d’émissions la plus faible possible. Une initiative internationale, le Resilient Dairy Genome Project, rassemble une équipe interdisciplinaire à grande échelle pour développer des outils génomiques afin d'aider les producteurs laitiers à atteindre cet objectif.

Dans l'article clé du projet, l'équipe décrit la création d'une base de données génétiques et phénotypiques internationale standardisée et la première étape cruciale vers le développement des outils génomiques nécessaires aux troupeaux résilients, sains et productifs de demain.

Les deux éléments principaux de ce troupeau résilient du futur sont l’efficacité alimentaire – ou la capacité d’un animal à produire plus de lait avec moins de nourriture – ainsi que la quantité de méthane produite par la vache au cours de son parcours. L'augmentation de l'efficacité et la diminution des émissions de méthane peuvent non seulement maximiser la rentabilité des producteurs, mais également réduire l'impact environnemental global du secteur laitier.

Sélectionner ces caractères signifie disposer de données fiables sur les génotypes (le gène sous-jacent aux caractères) ainsi que sur les phénotypes (les caractéristiques observables du caractère résultant de l'interaction du génotype avec l'environnement de la vache).

L'investigatrice principale de l'étude - et la responsable du projet dans son ensemble - Christine Baes, Ph.D., du Centre pour l'amélioration génétique du bétail, Département des biosciences animales, Université de Guelph, Guelph, Ontario, Canada, explique "Notre capacité à générer des outils génomiques d'impact international pour des vaches laitières résilientes nous oblige d'abord à avoir une compréhension globale des génotypes et des phénotypes de haute qualité."

Baes et son équipe ont entrepris non seulement de rassembler cet ensemble massif de données, mais également de développer des stratégies de gestion et de normalisation des données. Ce n'est pas une mince affaire compte tenu de la quantité de données et des différences dans la manière dont elles sont enregistrées, la technologie de mesure utilisée, la diversité du génotypage, les pratiques de gestion et la nutrition selon les pays.

La base de données du projet comprend actuellement des informations provenant de sept pays (Australie, Canada, Danemark, Allemagne, Espagne, Suisse et États-Unis) qui fournissent des données trois fois par an. Les informations comprennent des fichiers de pedigree, de vêlage, de production, d'efficacité alimentaire, d'émissions environnementales, de génotype et de spectre infrarouge moyen du lait, tous fusionnés pour fournir une base de données mondiale partagée.

Cette étude initiale s'est concentrée sur les vaches laitières Holstein et l'équipe a travaillé pour comprendre les différentes méthodes de collecte de données, y compris le traçage du pedigree et le génotypage. Des techniques d'imputation ont été utilisées pour garantir l'uniformité entre tous les animaux génotypés.

Baes a expliqué :"En mars 2024, la base de données contient 1 508 751 enregistrements de consommation de matière sèche provenant de 18 648 vaches et 33 723 enregistrements de méthane provenant de 4 500 vaches et continue de croître à mesure que les pays téléchargent de nouvelles données. "

Baes a souligné :"Notre analyse a révélé un niveau élevé de similarité génétique entre les populations Holstein de différents pays, ce qui suggère un échange génétique important, qui s'avérera bénéfique à mesure que nous travaillons sur des outils de prédiction génomique à travers les pays."

Malgré cela, l'équipe n'a pas tardé à identifier les domaines nécessitant des recherches plus approfondies.

Baes a déclaré :"Il y avait des variations dans les phénotypes de consommation alimentaire et d'émissions de méthane entre les pays, soulignant la nécessité d'évaluations supplémentaires d'uniformité avant des analyses plus approfondies."

Dans l'ensemble, cette collaboration internationale et cet échange de données ont amélioré les progrès réels vers le lancement d'évaluations de l'efficacité alimentaire chez de nombreux partenaires du projet, tandis que l'augmentation des données sur les émissions de méthane a ouvert la voie au développement de nouvelles évaluations pour ce caractère important.

Le Canada a lancé l'année dernière la première évaluation génomique au monde de l'efficacité du méthane dans le cadre du projet Efficient Dairy Genome, précurseur de ce nouvel ensemble de travaux. Grâce à ce processus, les solutions génétiques peuvent contribuer à l'avenir à la sélection de vaches laitières plus économes en ressources et ayant une charge environnementale moindre.