Une étude publiée dans la revue PLOS ONE pourrait un jour aider les agents de santé à déterminer si les bactéries de l'espèce Streptococcus pneumoniae, responsables de la méningite, une inflammation des membranes qui enveloppent le cerveau et la moelle épinière, sont résistantes aux antibiotiques.

Ce type d'analyse n'est pas une tâche facile lorsque la méthode conventionnelle est utilisée. Les bactéries doivent être isolées d'un échantillon de patient et analysées encore vivantes, ce qui est difficile car les micro-organismes sont sensibles et ne survivent généralement pas au voyage jusqu'au laboratoire.

Une nouvelle méthode hautement réalisable a été développée au Brésil par des chercheurs de la branche Santo André de l'Institut Adolfo Lutz (IAL), le laboratoire central de surveillance épidémiologique de l'État de São Paulo. Entre 2014 et 2020, ils ont analysé 873 échantillons de liquide céphalo-rachidien de patients suspectés de méningite streptococcique dans des cliniques de santé de six villes de l'État :Diadema, Mauá, Santo André, São Bernardo do Campo, São Caetano do Sul et Ribeirão Pires. Le liquide céphalo-rachidien est produit par les tissus qui tapissent les ventricules dans le cerveau. Il circule dans et autour du cerveau et de la moelle épinière pour les protéger des blessures et leur fournir des nutriments.

Dans le cadre de la routine du laboratoire, les scientifiques ont analysé les échantillons à l'aide de la PCR en temps réel, l'étalon-or pour le diagnostic des maladies infectieuses, y compris le COVID-19. La technique amplifie un gène spécifique ou une séquence de gènes du micro-organisme cible, s'il est présent dans l'échantillon, afin qu'il puisse être identifié plus facilement. Dans ce cas, S. pneumoniae (pneumocoque) a été détecté dans 149 échantillons.

Ils ont ensuite réanalysé les échantillons testés positifs pour le pneumocoque afin de détecter les trois gènes associés à la résistance aux antibiotiques, toujours en utilisant la PCR en temps réel mais cette fois avec SYBR Green, un colorant qui se lie à l'ADN et émet un signal fluorescent qui est capturé par l'équipement.

Pour savoir à quelles classes d'antibiotiques les bactéries résistent - pénicilline, lincosamides ou macrolides - ils ont utilisé la technique de la courbe de dissociation. "Cette technique consiste à élever la température des échantillons degré par degré, en séparant le colorant de l'ADN au fur et à mesure que les brins jumeaux de la double hélice formant le matériel génétique amplifié dans la machine PCR se déroulent progressivement. Nous avons mesuré la température de fusion [Tm], c'est-à-dire lorsque la moitié de la structure est encore entrelacée et que le reste s'est séparé. Cette température varie en fonction du gène amplifié, elle peut donc être utilisée pour identifier le gène qui a été amplifié et donc l'antibiotique auquel la bactérie est résistante », a déclaré Ivana Campos, chercheuse principale de l'étude.

Après avoir mené toutes ces procédures, les chercheurs ont comparé les résultats avec ceux obtenus par la méthode classique utilisée pour analyser la résistance aux antibiotiques, dans laquelle des bactéries vivantes sont observées au contact de chaque médicament pour voir si elles sont capables de proliférer. This conventional test was performed on 25 samples, which were the only ones that contained viable pneumococci for the procedure. The results were similar, confirming the novel technique's potential.

"We found that 51% of the samples analyzed, which IAL received between 2014 and 2020, were sensitive to antibiotics. That's positive, meaning these patients must have had a good prognosis. On the other hand, 17% were resistant to various drugs, which is very dangerous because in these cases it's more difficult to treat the disease and other classes of antibiotic have to be tried," Campos said.

Moreover, S. pneumoniae is capable of changing its genetic makeup as it reproduces, so that new copies have the genes associated with drug resistance. "We, therefore, concluded that the test we developed can be used to study the resistance profile of pneumococcus even in the absence of the isolated strains, as evidenced for our region," she said. + Explorer plus loin

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