Cependant, il y a environ 2,6 millions d’années, le Mégalodon a mystérieusement disparu des archives fossiles. Les raisons de son extinction ne sont pas entièrement comprises, mais plusieurs facteurs peuvent y avoir contribué, notamment les changements climatiques, la concurrence d'autres prédateurs et la diminution de ses réserves alimentaires.
Une découverte récente qui a mis en lumière les causes possibles de l'extinction du Mégalodon est la découverte de dents fossilisées de Mégalodon présentant des niveaux de mercure inhabituellement élevés. Cela suggère que le Mégalodon pourrait avoir été empoisonné par du mercure provenant d'une activité volcanique ou d'autres sources.
De plus, l'augmentation de la température de la mer à la fin du Pliocène et au début du Pléistocène pourrait avoir contribué à la disparition du Mégalodon. À mesure que les océans se sont réchauffés, les proies préférées du Mégalodon se sont peut-être déplacées vers des eaux plus froides, obligeant le Mégalodon à s'adapter ou à trouver de nouvelles sources de nourriture.
Le déclin du Megalodon pourrait également avoir un effet en cascade sur d’autres populations de requins. Avec la disparition de ce prédateur majeur, d’autres espèces de requins ont peut-être été confrontées à moins de concurrence et ont connu une explosion démographique. Cela aurait pu entraîner une prédation accrue sur les mammifères marins et d’autres espèces de proies, perturbant potentiellement les écosystèmes marins.
L'extinction du Mégalodon nous rappelle que même les prédateurs les plus puissants et les plus performants peuvent être vulnérables aux changements de leur environnement. Il met également en évidence l’interconnectivité des écosystèmes marins et le potentiel des grands prédateurs à jouer un rôle crucial dans le maintien de l’équilibre écologique.