Les conifères produisent des fleurs, mais elles ne sont pas aussi voyantes ou colorées que les fleurs de nombreuses plantes à fleurs. Les fleurs des conifères sont appelées cônes. Les cônes mâles et femelles sont produits sur des branches distinctes de l'arbre. Les cônes mâles produisent du pollen, tandis que les cônes femelles produisent des graines.

Les graines des conifères sont produites dans les cônes femelles. Chaque cône femelle contient un certain nombre d'écailles et chaque écaille porte deux ovules. Les ovules sont fécondés par le pollen des cônes mâles et les ovules fécondés se transforment en graines. Les graines sont dispersées par le vent ou les animaux.