Les hyolithes appartiennent à différents phylums (tels que Hyolitha aux affinités incertaines, Céphalopodes et Brachiopodes), et ne peuvent être considérés que comme des lophophorates dans son sens plus large, qui incluent également les brachiopodes, les phoronides, les bryozoaires (à l'exception des entoproctes) et d'autres groupes éteints, notamment les rhombozoaires et les cycliophores. .