1. Tampon de lyse:
* Fonction: Brise les cellules ouvertes et libère l'ADN.
* Composants:
* détergent: Perturbe les membranes cellulaires (par exemple, SDS, Triton X-100).
* sel: Aide à la neutralisation des molécules chargées et stabilise l'ADN (par exemple, NaCl).
* Tris Buffer: Maintient le pH pour une activité enzymatique optimale.
* edta: Agent chélatant qui se lie aux cations divalents comme le magnésium, empêchant la dégradation de l'ADN par les DNASe.
2. Protéinase k:
* Fonction: Digère les protéines, y compris les histones qui se lient à l'ADN.
* Mécanisme: Une sérine protéase qui clive les liaisons peptidiques au sein des protéines.
* Objectif: Élimine les protéines qui peuvent interférer avec l'isolement et la purification de l'ADN.
3. Phénol / chloroforme:
* Fonction: Sépare l'ADN des protéines et d'autres débris cellulaires.
* Mécanisme: Le phénol dénatur les protéines et les rend insolubles, tandis que le chloroforme agit comme un dénaturan et aide à séparer les phases aqueuses et organiques.
* Procédure: Après des tremblements vigoureux, le mélange se sépare en trois couches:
* Couche supérieure:phase aqueuse contenant de l'ADN.
* Couche intermédiaire:interphase contenant des protéines dénaturées.
* Couche inférieure:phase organique contenant du phénol / chloroforme.
* L'ADN est récupéré de la couche aqueuse.
4. Éthanol / isopropanol:
* Fonction: Précipite l'ADN de la solution.
* Mécanisme: L'ADN est soluble dans l'eau mais insoluble dans l'éthanol ou l'isopropanol. Lorsqu'elles sont ajoutées, ces alcools réduisent la solubilité de l'ADN, ce qui le fait précipiter hors de la solution.
* Procédure: Après avoir ajouté de l'éthanol ou de l'isopropanol, le mélange est centrifugé pour collecter le culot d'ADN.
5. Tampon TE:
* Fonction: Réservez et stocke l'ADN après extraction.
* Composants:
* Tris Buffer: Maintient le pH pour une stabilité optimale de l'ADN.
* edta: Agent chélatant qui inhibe les DNATES.
* Objectif: Assure que l'ADN reste intact et protégé contre la dégradation pendant le stockage.
6. RNase A:
* Fonction: Supprime la contamination de l'ARN.
* Mécanisme: Une enzyme qui dégrade spécifiquement l'ARN.
* Objectif: Assure un échantillon d'ADN pur pour les applications en aval comme la PCR ou le séquençage.
Remarque: Certains protocoles peuvent utiliser d'autres produits chimiques comme le chlorhydrate de guanidine ou le thiocyanate de guanidine pour la lyse, ou des colonnes de silice pour la liaison et la purification à l'ADN au lieu du phénol / chloroforme.
