Le type de cristal minéral le plus courant déposé dans la substance organique fondamentale est l’hydroxyapatite, qui est un composé de phosphate de calcium. D'autres types de cristaux minéraux pouvant être déposés comprennent le carbonate de calcium, l'oxalate de calcium et le phosphate de magnésium. La composition des cristaux minéraux dépend du pH et des concentrations en ions du milieu environnant.
Le dépôt de cristaux minéraux dans la substance organique fondamentale peut avoir de nombreux effets sur les tissus. Dans certains cas, cela peut entraîner la formation de structures dures et cassantes, comme les os et les dents. Dans d’autres cas, cela peut conduire à la formation de tissus mous et flexibles, comme le cartilage. Le dépôt de cristaux minéraux peut également affecter le fonctionnement des tissus. Par exemple, le dépôt de calcium dans les vaisseaux sanguins peut entraîner l’athérosclérose, qui correspond à un rétrécissement des artères.