Les liaisons covalentes se forment lorsque deux atomes partagent des électrons. Dans les acides nucléiques, les atomes liés de manière covalente sont le carbone, l’azote, l’oxygène, l’hydrogène et le phosphore. Les liaisons covalentes dans les acides nucléiques sont très fortes, c'est pourquoi les acides nucléiques sont si stables.
Les liaisons ioniques se forment lorsqu'un atome donne un électron à un autre atome. Dans les acides nucléiques, il n’y a pas de liaisons ioniques car tous les atomes partagent des électrons.