La molécule PO4 3− possède quatre atomes d'oxygène entourant un atome central de phosphore, avec une charge négative de 3. L'électronégativité de l'oxygène est de 3,44, tandis que celle du phosphore est de 2,19. Cette différence d’électronégativité entraîne un partage inégal des électrons, ce qui entraîne des liaisons polaires entre les atomes de phosphore et d’oxygène. La géométrie de la molécule est tétraédrique, avec les quatre atomes d'oxygène disposés aux coins d'un tétraèdre. L'atome de phosphore est situé au centre du tétraèdre. Les liaisons polaires entre les atomes de phosphore et d’oxygène créent une charge négative nette sur la molécule, la rendant polaire.