Cela provoque la protonation de la phénolphtaléine et sa charge positive. La molécule de phénolphtaléine protonée subit ensuite une deuxième réaction chimique appelée tautomérisation, dans laquelle elle réorganise sa structure moléculaire pour former un nouveau composé appelé quinone.
La quinone est responsable de la couleur rose associée à la phénolphtaléine dans les solutions acides. Par conséquent, lorsque la phénolphtaléine est ajoutée à un acide, celle-ci devient rose.