La caractéristique la plus importante d’une molécule pour la liaison hydrogène est la présence d’un atome hautement électronégatif, tel que l’oxygène, l’azote ou le fluor, lié à un atome d’hydrogène. Cet atome électronégatif attire le nuage électronique de l’atome d’hydrogène, créant une charge partiellement positive sur l’atome d’hydrogène. Cette charge partielle positive est alors capable d’interagir avec la charge partielle négative d’un autre atome électronégatif, formant une liaison hydrogène.