Les électrons du photosystème II proviennent de la division des molécules d’eau. Ce processus est réalisé par le complexe dégageant de l'oxygène (OEC) du photosystème II. L’OEC est un groupe de quatre ions manganèse et un ion calcium maintenus ensemble par un échafaudage protéique. Lorsque l’énergie lumineuse est absorbée par le photosystème II, elle excite un électron dans la molécule de chlorophylle du centre réactionnel. Cet électron est ensuite transféré vers un accepteur d’électrons et atteint finalement l’OEC. L'OEC utilise l'énergie de l'électron pour diviser une molécule d'eau en deux protons et un atome d'oxygène. Les protons sont pompés dans la lumière du thylakoïde, tandis que l'atome d'oxygène est libéré dans l'atmosphère.