Le principe de base d’un moteur moléculaire est qu’il possède une tête qui se lie à une molécule spécifique, appelée substrat. La tête subit alors un changement de conformation, provoquant le déplacement du substrat. Le moteur peut alors répéter ce cycle pour déplacer le substrat dans une direction spécifique.
Pour changer de vitesse, un moteur moléculaire doit modifier la taille du pas qu'il effectue. Cela peut être fait en modifiant l'angle de la tête ou en modifiant la longueur du bras de levier.
L'angle de la tête est déterminé par la force de la liaison entre la tête et le substrat. Plus la fixation est solide, plus l'angle de la tête et plus la taille du pas est petite.
La longueur du bras de levier est déterminée par la distance entre la tête et le point d'appui. Plus le bras de levier est long, plus la taille du pas est grande.
En modifiant l'angle de la tête et la longueur du bras de levier, un moteur moléculaire peut changer de vitesse et déplacer son substrat à différentes vitesses.