Par Andy Pasquesi | Mis à jour le 24 mars 2022
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L'électrophorèse sur gel est une technique fondamentale en biologie moléculaire qui sépare les fragments d'ADN par taille et les révèle pour analyse. En incorporant des échantillons d'ADN dans une matrice de gel d'agarose et en appliquant un champ électrique, les brins chargés négativement migrent vers l'anode, les fragments les plus courts se déplaçant plus rapidement que les plus longs.
Le bromure d'éthidium (EtBr) est incorporé au mélange d'agarose (poudre d'agarose, tampon EDTA, eau). Une fois le gel polymérisé, EtBr est réparti uniformément dans toute la matrice. Après avoir chargé les échantillons d'ADN et suivi les colorants dans les puits, le gel est soumis à une tension contrôlée qui attire l'ADN à travers les pores.
Au fur et à mesure que les brins se déplacent, EtBr s'intercale entre les paires de bases, se liant temporairement à l'ADN et transportant le signal de fluorescence. À la fin de l’analyse, chaque fragment a absorbé une quantité substantielle d’EtBr. L’éclairage du gel avec un transilluminateur UV excite le colorant lié, faisant briller les bandes d’ADN. Une caméra calibrée capture l'image pour la documentation.
Lorsqu’un transilluminateur UV n’est pas disponible, le gel peut être coloré au bleu de méthylène. Après électrophorèse, tremper le gel pendant une nuit dans une solution de bleu de méthylène permet au colorant de pénétrer dans la matrice et de se lier à l'ADN via une liaison hydrogène. La coloration bleue qui en résulte est visible à l'œil nu, offrant une alternative simple et peu coûteuse à la fluorescence.
Des colorants de suivi, tels que le bleu de bromophénol et le cyanol de xylène, sont ajoutés au tampon de chargement pour surveiller la progression sans interférer avec la migration de l'ADN. Le bleu de bromophénol se déplace à une vitesse équivalente à environ 300 nucléotides, tandis que le xylène cyanol correspond à environ 4 000 nucléotides. En comparant la position d'une bande d'ADN à ces marqueurs, les techniciens peuvent estimer la taille des fragments en paires de bases.
En résumé, l'électrophorèse sur gel associée à des colorants de coloration et de suivi appropriés permet une visualisation et un dimensionnement précis des fragments d'ADN, constituant la base d'innombrables analyses génétiques.