1. Préparation des échantillons: La microscopie électronique nécessite une préparation d'échantillons approfondie. Les micro-organismes doivent être soigneusement fixés, déshydratés et souvent enduits d'une fine couche de métal. Ce processus peut prendre du temps, techniquement difficile et potentiellement déformer la structure naturelle de l'organisme.
2. limité aux spécimens morts: La microscopie électronique utilise des faisceaux d'électrons à haute énergie qui peuvent endommager les échantillons biologiques. Par conséquent, il convient uniquement à la visualisation des micro-organismes morts ou conservés. Cela rend impossible d'étudier les processus dynamiques survenant dans les cellules vivantes.
3. Coût et complexité: Les microscopes électroniques sont des équipements coûteux qui nécessitent une formation et une expertise spécialisées pour fonctionner. Cela limite leur accessibilité aux chercheurs et aux institutions avec des ressources adéquates.
