On l'appelle souvent la "maîtrise" car elle sécrète des hormones qui contrôlent l'activité des autres glandes endocriniennes, notamment:
* glande thyroïde: Contrôle le métabolisme
* Glandes surrénales: Régule la réponse au stress et l'équilibre électrolytique
* gonades (testicules et ovaires): Contrôle le développement sexuel et la reproduction
* Glandes parathyroïdes: Régule les niveaux de calcium dans le sang
L'hypophyse elle-même est contrôlée par l'hypothalamus, qui fait partie du cerveau.