Cependant, il est important de noter que la classification de la vie en cinq royaumes (Monera, Protista, Fungi, Plantae et Animalia) est un système plus ancien. Les systèmes de classification modernes, comme le système à trois domaines, l'ont largement remplacé.
Dans le système à trois domaines, les procaryotes sont divisés en deux domaines:
* bactéries
* Archaea
Bien que les deux soient procaryotes, ils ont des différences significatives dans leur génétique, leur biochimie et leur histoire évolutive.
