Alors que de nombreux scientifiques ont contribué à la compréhension des bactéries, la première personne à observer et à décrire les bactéries était Antonie van Leeuwenhoek au 17ème siècle.

Il a utilisé un microscope simple qu'il a construit lui-même pour examiner l'eau de l'étang, l'eau de pluie et les raclures de ses dents. Il a été étonné de voir de minuscules créatures se déplacer, ce qu'il a appelé "Animalcules". Bien qu'il n'ait pas compris ce qu'étaient ces créatures, ses observations et descriptions détaillées ont jeté les bases d'études futures sur les micro-organismes.