Il n'y a pas de nom scientifique unique pour un micro-organisme. "Micro-Organisme" est un terme général qui fait référence à tout organisme trop petit pour être vu à l'œil nu, notamment:

* bactéries: par exemple * Escherichia coli *

* Virus: par exemple * Virus de la grippe *

* champignons: par exemple * Candida albicans *

* Protozoa: par exemple * Plasmodium falciparum *

* Algues: par exemple * Chlamydomonas reinhardtii *

Chacun de ces groupes a son propre système de classification scientifique avec des noms spécifiques pour les espèces individuelles.