* membrane externe: Cette membrane est lisse et perméable aux petites molécules.

* membrane intérieure: Cette membrane est fortement pliée en Cristae, ce qui augmente sa surface. Il est moins perméable et contient de nombreuses protéines impliquées dans le transport d'électrons et la production d'ATP.

L'espace entre ces deux membranes est appelé espace intermembranaire , tandis que l'espace enfermé par la membrane intérieure est appelé matrice .