Euglena gracilis est classé dans le phylum Euglénozoa Dans le Royaume Protista. Voici une ventilation de sa classification:

* domaine: Eukarya

* royaume: Protista

* Phylum: Euglénozoa

* Classe: Euglenophyceae

* commande: Euglenales

* Famille: Euglenaceae

* genre: Euglena

* Espèces: Euglena gracilis

Il est important de noter que la classification des organismes peut changer à mesure que la compréhension scientifique évolue.