La taille des mitochondries peut varier en fonction du type de cellule et de l'organisme, mais elle varie généralement de 0,75 à 3 micromètres de diamètre. En d’autres termes, ils sont très petits, à peu près de la taille d’une bactérie. Les mitochondries sont souvent décrites comme étant en forme de haricot ou ovales, mais elles peuvent également avoir d'autres formes, comme des sphères ou des bâtonnets.