L’indice « poisson » aide à établir comment les protéines évoluent, car il suggère que les protéines pourraient avoir évolué à partir de molécules plus simples trouvées dans les anciens océans. De nombreuses protéines contiennent des acides aminés similaires à ceux présents dans des molécules comme l’urée, présente en fortes concentrations dans les océans. Cela implique que ces acides aminés pourraient avoir été les éléments constitutifs du développement de protéines plus complexes tout au long de l’évolution.